IQtree2操作命令

<h2>基本使用：</h2>iqtree [-s 对齐文件] [-p 分区] [-m 模型] [-t 树] ...<h2>命令及相关意义</h2>通用选项：-h, --help 打印（更多）帮助用法-s 文件[,...,文件] PHYLIP/FASTA/NEXUS/CLUSTAL/MSF 对齐文件-s 目录对齐文件目录--seqtype 字符串 BIN、DNA、AA、NT2AA、CODON、MORPH（默认：自动检测）-t 文件|PARS|RAND 起始树（默认：99 简约性和 BIONJ）-o TAX[,...,TAX] 外群分类群（列表），用于写入 .treefile--prefix 字符串所有输出文件的前缀（默认：aln/partition）--seed 数字随机种子数，通常用于调试目的--safe 安全似然内核以避免数值下溢--mem 数字[G|M|%] 最大 RAM 使用量（GB | MB | %）--runs 数字独立运行次数（默认：1）-v, --verbose 详细模式，向屏幕打印更多消息-V, --version 显示版本号--quiet 静默模式，抑制向屏幕（stdout）打印-fconst f1,...,fN 将对齐文件中的恒定模式添加进去（N=状态数）--epsilon 数字参数估计的似然 epsilon（默认 0.01）-T 数字|AUTO 核心/线程数或自动检测（默认：1）--threads-max 数字 -T AUTO 的最大线程数（默认：所有核心）检查点：--redo 重新执行 ModelFinder 和树搜索--redo-tree 恢复 ModelFinder 并仅重新执行树搜索--undo 撤销已完成运行，用于更改某些选项时--cptime 数字最小检查点间隔（默认：60 秒，并自适应）分区模型：-p 文件|目录 NEXUS/RAxML 分区文件或包含对齐文件的目录边链接比例分区模型-q 文件|目录与 -p 类似，但为边链接等权分区模型-Q 文件|目录与 -p 类似，但为边非链接分区模型-S 文件|目录与 -p 类似，但进行单独的树推断--subsample 数字随机子采样分区（负数表示补集）--subsample-seed 数字 --subsample 的随机种子数似然/四元组映射：--lmap 数字用于似然映射分析的四元组数--lmclust 文件包含似然映射簇的 NEXUS 文件--quartetlh 将四元组对数似然值打印到 .quartetlh 文件中树搜索算法：--ninit 数字初始简约树的数量（默认：100）--ntop 数字顶部初始树的数量（默认：20）--nbest 数字搜索期间保留的最佳树的数量（默认：5）-n 数字固定迭代次数以停止（默认：关闭）--nstop 数字连续不成功迭代的次数以停止（默认：100）--perturb 数字随机化 NNI 的扰动强度（默认：0.5）--radius 数字简约性 SPR 搜索的半径（默认：6）--allnni 执行更彻底的 NNI 搜索（默认：关闭）-g 文件（多歧）拓扑约束树文件--fast 快速搜索，类似于 FastTree--polytomy 将近零分支合并为多歧--tree-fix 固定 -t 树（不执行树搜索）--treels 将局部最优树写入 .treels 文件中--show-lh 计算树似然值但不进行优化--terrace 检查树是否位于系统发育台阶上超快速自助法/刀切法：-B, --ufboot 数字超快速自助法的重复次数（>=1000）-J, --ufjack 数字超快速刀切法的重复次数（>=1000）--jack-prop 数字刀切法的子采样比例（默认：0.5）--sampling 字符串分区重采样的方式（GENE|GENESITE）（默认：SITE）--boot-trees 将自助法树写入 .ufboot 文件中（默认：不写入）--wbtl 类似于 --boot-trees，但也会写入分支长度--nmax 数字最大迭代次数（默认：1000）--nstep 数字 UFBoot 停止规则所需的迭代次数（默认：100）--bcor 数字最小相关系数（默认：0.99）--beps 数字 RELL 阈值，用于解决并列情况（默认：0.5）--bnni 通过 NNI 对自助法对齐进行优化，以优化 UFBoot 树非参数自助法/刀切法：-b, --boot 数字自助法重复次数 + 最大似然树 + 一致性树-j, --jack 数字刀切法重复次数 + 最大似然树 + 一致性树--jack-prop 数字刀切法的子采样比例（默认：0.5）--bcon 数字自助法重复次数 + 一致性树--bonly 数字仅自助法的重复次数--tbe 转移自助法期望单分支测试：--alrt 数字 SH 近似似然比检验的重复次数--alrt 0 参数化 aLRT 检验（Anisimova 和 Gascuel 2006）--abayes 近似贝叶斯检验（Anisimova 等人 2011）--lbp 数字快速局部自助法概率的重复次数MODEL-FINDER 模型选择选项<ul><li data-pid="lUAhhcX-">-m TESTONLY：仅进行标准模型选择（类似于 jModelTest 和 ProtTest）。</li><li data-pid="kZy2-nGl">-m TEST：进行标准模型选择后，再进行树推断。</li><li data-pid="aqYgk89Y">-m MF：使用 FreeRate 异质性进行扩展模型选择。</li><li data-pid="pAFA7VyB">-m MFP：进行扩展模型选择后，再进行树推断。</li></ul>Lie Markov 模型测试选项<ul><li data-pid="Zh_iBD8k">-m ...+LM：额外测试 Lie Markov 模型。</li><li data-pid="2nNVoKq1">-m ...+LMRY：额外测试具有 RY 对称性的 Lie Markov 模型。</li><li data-pid="XdoKRXGF">-m ...+LMWS：额外测试具有 WS 对称性的 Lie Markov 模型。</li><li data-pid="icjtMZYR">-m ...+LMMK：额外测试具有 MK 对称性的 Lie Markov 模型。</li><li data-pid="KT9cd3aw">-m ...+LMSS：额外测试链对称模型。</li></ul>搜索限制选项<ul><li data-pid="OxSP6EiZ">--mset STRING：限制搜索至其他程序（如 raxml, phyml, mrbayes, beast1 或 beast2）所支持的模型。</li><li data-pid="ohebzusv">--mset STR,...：逗号分隔的模型列表。</li></ul>其他选项<ul><li data-pid="azjs2soV">--msub STRING：氨基酸模型来源（核、线粒体、叶绿体或病毒）。</li><li data-pid="y55ZS9mW">--mfreq STR,...：状态频率列表。</li><li data-pid="0uWNM7A4">--mrate STR,...：位点间速率异质性列表。</li><li data-pid="GDnCl492">--cmin NUM：FreeRate 模型的最小类别数（默认：2）。</li><li data-pid="9NHEGCC-">--cmax NUM：FreeRate 模型的最大类别数（默认：10）。</li><li data-pid="W1lUTbBR">--merit AIC|AICc|BIC：Akaike 或 Bayesian 信息准则（默认：BIC）。</li><li data-pid="KFGvtaML">--mtree：对每个模型执行完整的树搜索。</li><li data-pid="aK5pqlIV">--madd STR,...：考虑的混合模型列表。</li><li data-pid="AkG376KX">--mdef FILE：模型定义的 NEXUS 文件（见手册）。</li><li data-pid="KVV8kU6Q">--modelomatic：寻找最佳密码子/蛋白质/DNA 模型（Whelan 等人，2015）。</li></ul>PARTITION-FINDER分区合并选项<ul><li data-pid="xSRt-FN0">--merge：合并分区以提高模型拟合度。</li><li data-pid="twFS5RHR">--merge greedy|rcluster|rclusterf：设置合并算法（默认：rclusterf）。</li></ul>合并模型选项<ul><li data-pid="Gu_rKFXj">--merge-model 1|all：合并时仅使用 1 或所有模型（默认：1）。</li><li data-pid="Ps1crtKr">--merge-model STR,...：逗号分隔的用于合并的模型列表。</li></ul>速率异质性选项<ul><li data-pid="juL7QdLz">--merge-rate 1|all：合并时仅使用 1 或所有速率异质性（默认：1）。</li><li data-pid="ZfZ9Qhln">--merge-rate STR,...：其他选项。</li></ul> 逗号分隔的速率列表用于合并--rcluster NUM：rcluster算法的分区对百分比--rclusterf NUM：rclusterf算法的分区对百分比--rcluster-max NUM：分区对的最大数量（默认：10*分区数）替代模型：-m STRING：模型名称字符串（例如：GTR+F+I+G）**DNA模型：**HKY（默认）、JC、F81、K2P、K3P、K81uf、TN/TrN、TNef、TIM、TIMef、TVM、TVMef、SYM、GTR，或6位数字模型指定（例如：010010 = HKY）**蛋白质模型：**LG（默认）、Poisson、cpREV、mtREV、Dayhoff、mtMAM、JTT、WAG、mtART、mtZOA、VT、rtREV、DCMut、PMB、HIVb、HIVw、JTTDCMut、FLU、Blosum62、GTR20、mtMet、mtVer、mtInv、FLAVI、Q.LG、Q.pfam、Q.pfam_gb、Q.bird、Q.mammal、Q.insect、Q.plant、Q.yeast**蛋白质混合模型：**C10,...,C60、EX2、EX3、EHO、UL2、UL3、EX_EHO、LG4M、LG4X**二元模型：**JC2（默认）、GTR2**经验性密码子模型：**KOSI07、SCHN05**机制性密码子模型：**GY（默认）、MG、MGK、GY0K、GY1KTS、GY1KTV、GY2K、MG1KTS、MG1KTV、MG2K**半经验性密码子模型：**XX_YY，其中XX是经验性模型，YY是机制性模型**形态学/SNP模型：**MK（默认）、ORDERED、GTR**Lie Markov DNA模型：**1.1、2.2b、3.3a、3.3b、3.3c、3.4、4.4a、4.4b、4.5a、4.5b、5.6a、5.6b、5.7a、5.7b、5.7c、5.11a、5.11b、5.11c、5.16、6.6、6.7a、6.7b、6.8a、6.8b、6.17a、6.17b、8.8、8.10a、8.10b、8.16、8.17、8.18、9.20a、9.20b、10.12、10.34、12.12（可选前缀RY、WS或MK）**非可逆模型：**STRSYM（链对称模型，等同于WS6.6）、NONREV、UNREST（无限制模型，等同于12.12）NQ.pfam、NQ.bird、NQ.mammal、NQ.insect、NQ.plant、NQ.yeast**其他：**用户模型参数所在文件的名称状态频率：-m ...+F：从比对中经验性地计算得到的频率-m ...+FO：通过最大似然法优化的频率-m ...+FQ：等频率-m ...+FRY：对于DNA，freq(A+G)=1/2=freq(C+T)-m ...+FWS：对于DNA，freq(A+T)=1/2=freq(C+G)-m ...+FMK：对于DNA，freq(A+C)=1/2=freq(G+T)-m ...+Fabcd：对ACGT频率的4位数字约束（例如，+F1221表示f_A=f_T，f_C=f_G）-m ...+FU：给定蛋白质矩阵的氨基酸频率-m ...+F1x4：三个密码子位置上的等核苷酸频率-m ...+F3x4：三个密码子位置上的不等核苷酸频率位点间的速率异质性：-m ...+I：一定比例的不变位点-m ...+G[n]：具有n个类别的离散Gamma模型（默认n=4）-m ...*G[n]：具有未链接模型参数的离散Gamma模型-m ...+I+G[n]：不变位点加上具有n个类别的Gamma模型-m ...+R[n]：具有n个类别的FreeRate模型（默认n=4）-m ...*R[n]：具有未链接模型参数的FreeRate模型-m ...+I+R[n]：不变位点加上具有n个类别的FreeRate模型-m ...+Hn：具有n个类别的Heterotachy模型-m ...*Hn：具有n个类别和未链接参数的Heterotachy模型--alpha-min NUM：位点速率的Gamma形状参数的最小值（默认：0.02）--gamma-median：对于+G位点速率使用中位数近似（默认：均值）--rate：将经验贝叶斯位点速率写入.rate文件--mlrate：将最大似然位点速率写入.mlrate文件